Михаил Мишустин продолжает реформировать структуру Правительства РФ. Опубликованы ряд распоряжений, устанавливающих  предельную численность госслужащих и фонд оплаты труда центральных аппаратов и территориальных органов министерств и ведомств, а также изменения в структуре аппарата Правительства РФ.

В аппарате вместо трех укрупненных департаментов будут образованы восемь узкоспециализированных.  Так вместо упраздняемого Департамента промышленности, энергетики и транспорта появятся Департамент промышленности, Департамент  строительства, Департамент транспорта и Департамент энергетики Правительства  Российской  Федерациии.

Департамент  сопровождения  законопроектной деятельности будет преобразован в Департамент сопровождения  законопроектной  деятельности  и  нормативно-правового регулирования. В числе новых подразделений будет образовано Сводно-аналитическое управление.

Численность структурных подразделений в министерствах по новым требованиям будет составлять не меньше 40 штатных единиц, служб и агентств – не менее 25 единиц, отделов в составе департамента или управления – не менее 5 единиц, самостоятельного отдела – не менее 10. Для обеспечивающих подразделений устанавливается ограничение – не более 30% общей численности сотрудников.

О реформе госаппарата Михаил Мишустин объявил в ноябре 2020 года. Её планируется завершить до 1 апреля 2021 года. Она предполагает приведение к единому стандарту штата и организационной структуры министерств и ведомств, сокращение центральных аппаратов на 5%, а территориальных органов на 10% – в целом более 32 тыс. единиц – в основном за счёт имеющихся вакансий при сохранении фонда оплаты труда.